boss任务是一种特殊的挑战玩法，需要完成大量普通任务后才会出现。每完成35个普通任务就会触发一次boss任务，但游戏内不会显示已完成的任务数，所以如果还没刷出boss任务，就需要继续完成普通任务。目前游戏中共有9张地图，每张地图可以刷出三种boss动物，驯服这些boss动物需要更长的时间和更高的操作技巧。
稀树草原地图的boss任务包括暗黑野牛、特洛伊斑马、机械秃鹰和油炸狮。暗黑野牛需要骑同一只野牛连续跑700米；特洛伊斑马要求在草原地图上连续换乘7种不同动物；机械秃鹰出现在1400米后的位置，需要走中间大石头；油炸狮则需要骑同一只狮子连续吃30只动物。丛林地图的boss任务有恐龙犀牛、三嘴鸟和鸭嘴河马，恐龙犀牛需要连续换乘7种不同动物，三嘴鸟要从百米高度起跳换乘，鸭嘴河马要骑同一只河马跑1600米。
山脉地图的boss任务包括战斗熊、罗宾汉鹰和蒸汽朋克。战斗熊需要骑同一只老鹰跑2000米；罗宾汉鹰要沿着跑道边缘的灌木丛起飞后落在最远的山峰上；蒸汽朋克要用同一只牦牛撞飞10只动物。奥林匹斯山脉地图有个特殊boss三头凤凰，需要在一局比赛中用狮鹫吃三只凤凰。这些boss任务的地图场景都是根据动物特性特别设计的，难度会比普通任务更高。
目前已知的boss动物共有15种，包括鸵鸟老板、外星长颈鹿、骷髅象、急速野猪、火山猩猩、花样虎、独眼狼、闪光羊驼、双角兽、野蛮绵羊、袋鼠圣僧、凤凰鸸鹋、代数猫头鹰、海军海豹和轮滑熊。接到boss任务后，可以在失败重来时点击任务后方的骷髅头直接进入boss任务地图。成功驯服boss动物就算挑战胜利，这些稀有动物能为你的动物园带来更多游客和收入。
更快刷出boss任务，可以关注每日活动和挑战模式，这些玩法也有机会获得boss动物。游戏商店和兑换系统有时会提供boss动物碎片，积攒足够数量就能兑换。拜访朋友的动物园时收到的礼物也可能包含boss动物。随着游戏进度推进，解锁新地图区域会发现更多独特的boss动物。记住保持耐心，多练习操作技巧，就能逐步收集所有boss动物。
